El paciente debe practicarse aseo de genitales con agua y jabón y presentarse al laboratorio sin haber orinado, de no ser posible esto último, esperar al menos una hora después de la última micción.
Para la realización del estudio se introducirá un hisopo suavemente con un movimiento de rotación hasta penetrar unos 2-4 cm dentro de la uretra (nunca hisopo convencional). Si existe una secreción purulenta se puede exprimir ligeramente la punta del glande para estimular la liberación y evitar el procedimiento invasivo, por lo cual no será necesario llevar a cabo la introducción del hisopo uretral, la toma se podrá realizar de la secreción con un hisopo convencional.
Se recomienda que la toma de muestra para estudios microbiológicos se realice previo a la administración de cualquier tratamiento antibiótico. En caso de que el paciente haya sido sometido a tratamiento antibiótico antes de la realización del estudio, se sugiere suspenderlo 3 días previos a la toma de muestra. El que un paciente se encuentre bajo tratamiento antibiótico al momento de la toma de muestra, no debe ser considerado como criterio de rechazo, sin embargo, esta condición debe ser avalada por el médico tratante, ya que los resultados obtenidos pueden arrojar falsos negativos. Dicha información tendrá que ser indicada al personal de laboratorio.